朱见深收到商大人的奏章，十分不理解，这汪直侦破了好几个大案，有什么不好的，非要把西厂给撤掉，把本人给免职。于是他派司礼监太监怀恩去内阁，厉声传旨，责问汪直到底有哪点不好？这份奏章，谁是幕后主使？商辂没有被怀恩的气势吓倒，大声说，汪直违背了祖宗家法，他的行为使朝廷失去了民心，文武百官黎民百姓人心惶惶，我这样做是为了给朝廷除害，没有什么主使同谋。万安也连忙表态说，这份奏章是我们共同的意见，完全出于忠心，如果要罚，把我们一起罚了。司礼监太监怀恩也对汪直不满，此次前来，只是因为领导指派，并非心里也站在皇帝一边。于是大家一起反对汪直，六部的尚书也站出来声援。舆论压力下，朱见深宣布废掉西厂，汪直还是回御马监上班，但对他的信任并没有丝毫下降。
有个监察御史，名叫戴缙，仕途遇到了瓶颈，他想得到提拔，又没有办法，于是将希望寄托在皇帝身上。在分析过形势后，他发现朱见深对汪直仍然器重，就上疏替汪公公鸣不平，说大臣们都不作为，尸位素餐，近年来，没听说他们推荐了哪些人才，革除了哪些弊政。反倒汪公公抓了杨华等奸邪之人，有利于拨乱反正、警示人心，他们却嫉贤妒能，诬陷汪公公。朱见深对这份奏折十分满意，立刻下令恢复西厂，恢复汪直的岗位。商辂等人心灰意冷，纷纷提出退休，他与户部尚书薛远、刑部尚书董方等多名高官相继离开了中央。