程美宝的批评与邓正来的担忧有些不谋而合，他们都是担心“儒学地域化”的设定曲解了福柯“话语分析”的原意，把一个制度性的建构过程，仅仅理解为一个单一沿袭的自然区域的描述过程，从而钻入了传统史学设定的圈套。这种批评当然有相当的道理，而且在某些方面也确实切中肯綮，颇有启发，不过这些批评也忽略了一点，即“儒学地域化”的提出，并非简单沿袭传统的类别分析方法，它对“区域”空间的理解也不是简单的自然地理概念，即使对地方文献时有引述，也是把它作为背景而不是论题依据加以使用的，笔者以为这二者有着相当大的区别。作为背景使用，就不是僵化地套用，或对传统文人地理描述不加反省的搬用和模仿，而是特别注意分析其实践行为特征与知识话语形成的对应互动关系，借此观察区域在近代的动态建构过程，同时也注意到书院作为制度化的知识生产单位，对空间再造的制约作用，制度和知识话语形成了互为检验的关系，这一点在《儒学地域化的近代形态——三大知识群体互动的比较研究》一书“下篇”的论述中表现得更加突出。
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