九月，曾国藩还是奏报清廷，定首批“要犯”三十二人，其中十五人正法，十七人流徙；十月又将九名“要犯”上奏，其中正法五人，四人充军。曾国藩根据“一命抵一命”的原则法则，拿二十条中国人命给被杀的二十名法国人一个“交代”。朝野直斥此举荒谬。行刑之时，百姓万人围观，为就义之人壮行。市民高呼就义者“好汉”，“好汉”们也引吭高歌。屠刀一落下，举国哗然，可同时也堵塞了法国人的嘴。暗地里，曾国藩又派人一一抚恤死者家属[1]。地方官员张光藻、刘杰二人被革职发往黑龙江充军，曾国藩就写信给盛京将军、吉林将军，请求沿途予以照料；又写信给黑龙江将军，托付加意优待。此外，曾国藩还筹银一万余两，作为二人赎罪之费。
曾国藩自然料到自己忤逆民意大开杀戒，必将得罪舆论。但是他横下一条心，“但令大局不致从此决裂，即为厚幸；一身丛毁，实由智浅不能两全，亦遂不复置辩”。但是他没有料到，自己从此由道德圣人沦为举国口诛笔伐的对象。“诟詈之声大作，卖国贼之徽号竟加于国藩。京师湖南同乡尤引为乡人之大耻”，虎坊桥长郡会馆中悬挂的曾国藩“官爵匾额”被人击毁。湘籍士大夫集会，一致决定将曾国藩名籍削去，不承认他是湖南同乡。一个举子撰写了对联，刻薄挖苦曾国藩：“杀贼功高，百战余生真福将；和戎罪大，早死三年是完人。”湘军出身的王闿运对曾国藩也不理解，写信给曾国藩说：“国体不可亏，民心不可失，先皇帝之仇不可忘，而吾中堂之威望不可挫！ 宗社之奠安，皇图之巩固，华夷之畏服，臣民之欢感，在此一举矣。……倘中堂不能保昔日之威，立今日之谋，何以报大恩于先皇，何以辅翼皇上，何以表率乎臣工，何以惩乎天下后进之人！”在王闿运看来，曾国藩辜负皇恩与百姓，简直就是个士林败类、朝堂奸臣。