帝国真的死了，随着武昌首义一声枪响，千年帝制一夜崩溃，陈独秀也一度成为民国元年皖军都督孙毓筠的都督府秘书长。孙都督系公子哥儿出身，后又染上鸦片瘾，不理政事，都督府的大事小情全托付给陈独秀。但陈独秀因过于急躁，常为改革之事与人口角。每逢开会，总是他一个人滔滔不绝地发表演说，且固执己见，最终仅做了半年皖军都督府秘书长，便高处不胜寒，挂冠而去。
1914年7月，陈独秀第五次去日本留学，这是他最后一次日本之行，也是他在日本住得最久的一次，近一年时间。此行，他最大的收获是认识了两位好朋友章士钊和李大钊。两个人名字都落在一个“钊”字上，从字形上看，“钊”含匕首，意为削去金属之角。而他们的志向便是要削去旧中国身上的痼疾顽症。特别是李大钊，是一位可托六尺之躯、寄百里之命的挚友。前者，陈独秀帮他编辑《甲寅》杂志；后者，则是先慕其文，后仰其人。章士钊这样记述他与李大钊的相识：“一九一四年，余创刊《甲寅》于日本东京，图以文字与天下贤豪相接，从邮件中突接论文一首，余读之，惊其温文醇懿，神似欧公，察其自署，则赫然李守常也。余既不识其人，朋游中亦无知者，不获已，巽言复之，请其来见。翌日，守常果至，于是在小石川林町一斗室中，吾二人交谊，以士相见之礼意而开始。”[2]陈独秀便是通过章士钊而识李大钊，开始了长达十三年的交往与友谊，直至李大钊溘然离去，血沃中华。