但是，提到种系发生，新的问题又产生了，人们很想谨慎地避开这个问题。但是毫无办法，必须作出这种努力——不顾对暴露出我们整个努力不足的恐惧。问题是：是原始人的自我还是原始人的本我在他们的幼年从父亲情结中获得了宗教和道德？如果是他的自我，那为什么我们不能简单地说这些东西是被自我所继承的？如果它是本我，那宗教和道德又如何与本我的性格相一致呢？或者是我们错误地把自我、超我和本我之间的分化上溯到这么早的时期？或者我们不应该坦率地承认我们全部关于自我变化过程的概念无助于理解种系发生，也不能适用于它？
让我们首先来回答最容易回答的问题吧。自我和本我之间的分化不仅仅应归于原始人，甚至应归于更简单的机体，因为它是外部世界的影响的不可避免的表现。按照我们的假说，超我实际上来源于导向图腾崇拜的经验。是自我还是本我经验了和获得了这些东西的问题很快化为乌有。认真的思考立刻就使我们知道除了通过自我——对本我来说，自我是外部世界的代表——任何外部的变化都不能被本我经验过或经受过，而且不可能说在自我中有直接的继承。这里，一个现实的个人和一个种属的概念之间的鸿沟变得明显了。此外，人们不能把自我和本我之间的区别看得太严格。也不能忘记自我是由本我特别分化出来的部分（173页）。自我的经验起先好像不会遗传；但是，当它们在下一代许多个人身上被经常地、有力地重复，可以这样说，自我的经验就把自己改变为本我的经验，这个经验的印象经由遗传保存下来。这样，在本我中，那些能被继承的经验就聚藏了无数自我残余的存在；当自我从本我中形成它的超我时，自我也许只能恢复以前自我的形状，并且它也许只能使这些形状复活。