太宗皇太极像
当时的蒙古主要分为三大部：漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古。漠南蒙古位于后金和明朝中间，成为双方争夺的焦点。皇太极采取软硬兼施的策略，以强大的武力作为后盾，积极争取蒙古各部归顺。漠南蒙古中最强大的部落是察哈尔部，察哈尔部的首领林丹汗倚仗明朝的支持，坚决与后金为敌。天聪二年（1628年），皇太极利用漠南蒙古内部的矛盾，率军亲征林丹汗，大败察哈尔部军队。在这次进攻中，皇太极对不服从约束的蒙古各部给予坚决打击，加强了对归附的蒙古各部的控制。之后，皇太极再次调军西征，林丹汗自知不敌，向西逃亡。之后，察哈尔部分崩离析，林丹汗因天花病死，部众逃散。皇太极便派多尔衮去招抚林丹汗的残部，林丹汗之子率军归降。从此，漠南蒙古彻底归附皇太极。
除了出兵征服外，皇太极还积极与蒙古贵族联姻。皇太极的“一后四妃”都是蒙古族，分属于蒙古的科尔沁部和察哈尔部。皇后博尔济吉特氏是蒙古科尔沁贝勒莽古思的女儿，15岁嫁给皇太极。皇太极继位后，她便成为了皇后。由于一直没有子嗣，科尔沁部的贝勒们都非常不安，他们希望由本部落妃子的儿子继承大统，从而保证自己部落的尊崇地位，因此不断将科尔沁部的女子送进宫。于是，便有了后来的宸妃和庄妃。她们两姐妹都是博尔济吉特氏，并且同为皇后的侄女。而贵妃和淑妃则是林丹汗的福晋，在林丹汗死后便都被皇太极收入宫中。林丹汗的儿子归降后，皇太极把次女嫁给了他，并且命令济尔哈朗娶林丹汗的遗孀苏泰太后为福晋。皇太极的长子豪格及二兄代善、七弟阿巴泰也分别同察哈尔部联姻。由此，皇太极构建了一个错综复杂的满蒙联姻同盟。这一政策，后来成为清朝的国策。所以，清朝的皇后大都出于蒙古。